“장애인 고용부담금 손금불산입”과 관련하여 오늘 여러 차례 질문과 답변이 있어 법원의 판례와 법인세법 개정 경과에 대해 간략하게 정리했으니 세무 조정 및 경정청구에 참고하시기 바랍니다. 

[장애인 고용부담금 손금불산입 개정 경과]

1. 사건의 경과
 가. 납세자의 장애인 고용부담금 손금산입 경정청구
  납세자는 2021.11.16. 처분청에게 장애인 고용부담금은 법인세법 제21조 제5호[법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금]에 해당하지 않기 때문에 이를 손금에 산입할 수 있다는 취지로 경정 청구함.

 나. 처분청의 경정청구 거부
 처분청은 2021.12.7. 장애인 고용부담금은 법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하므로 납세자의 경정청구를 거부함.

 다. 법원의 인용(서울고등법원 2023.12.05. 선고 2023누45325 판결)
 - 장애인 고용부담금이 법령에 따른 의무 불이행에 대하여 부과된 공과금이라고 하더라도 그 의무 불이행에 대한 제재로서 부과된 것이라고 보기 어렵다(서울행법 2023.05.02.선고 2022구합65757판결)  

 - 행정기본법이 ‘제재처분’이라는 개념을 도입한 취지는 그 근거 법령 적용의 기준시점(제14조), 주체·사유·유형·상한 및 재량 행사시 고려할 사항 등 처분의 기준(제22조), 제척기간(제23조) 등을 정함으로써 국민의 권익을 보호하자는 것이지, 다른 법령, 특히 조세 관계 법령에서 사용한 ‘제재’의 개념까지 포괄적으로 정의하려는 취지로 볼 것은 아니므로, 이를 근거로 이 사건 장애인 고용부담금이 구 법인세법 제21조제5호에서 말하는 ‘제재’에 해당한다고 볼 수는 없다.

2. 법인세법의 개정
  법인세법에 대해 2024.12.31. 법인세법 제21조 제5호에 대해 “손금불산입 대상 부담금 범위”를 조정하는 개정을 하였습니다. 

<개정 전>
법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

<개정 후>
법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금

3. 마무리
법원에서는 “장애인 고용부담금”은 제재로서 부과되는 공과금이 아닌 것으로 판결함에 따라 손금산입의 대상이 되었습니다.
이에 대해  2024.12.31.법인세법을 개정하면서 제재를 삭제하고 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금”은 손금불산입하는 것으로 하였습니다.
이 개정 법률은 2025.01.01.부터 시행하므로 2025년 귀속 법인세 신고분부터는 손금불산입하는 것이 타당합니다.
더욱 적극적으로 해석하면, 기왕에 손금불산입한 “장애인 고용부담금”은 손금산입하는 경정청구도 가능할 것으로 판단됩니다.